Los foramontanos que se establecieron en Juarros eligieron una elevación y llamaron a su pueblo Montecillo, que es lo mismo que Mozoncillo. Mozoncillo pertenecía al alfoz de Santa Cruz y a la merindad de Castrojeriz. Esta parte oriental de la merindad formaba la jurisdicción de Juarros y La Mata, que en el año 1591 sumaba 870 vecinos, unos cuatro mil habitantes. La vida de la comarca se sustentaba en su agricultura elemental, una abundante ganadería (sobre todo ovina, merina y churra), y la explotación del monte de roble para aplicaciones domésticas, para el carboneo y para la montanera del ganado de cerda. El robledal de Mozoncillo es nombrado a mediados del siglo XIX con todo elogio, y se comprende el esmero de los vecinos en una comarca de recios inviernos. Pero en los tiempos antiguos Mozoncillo no permaneció rutinario y estático; hubo un curioso movimiento ya que el Mozoncillo actual no es el de los foramontanos. El poblado primitivo estuvo en lo que ahora llaman pago de ermita, donde se han encontrado sepulturas y vestigios de población altomedieval. Este pago está a casi medio kilómetro, dirección noroeste, a 150 metros a la derechade la carretera de San Millán.
Allí estaba Mozoncillo cuando alguien, en un momento del siglo XIII, levantó una casa junto al actual camino y puso a un hombre allí para cobrar la cueza, una especie de fielato para percibir una medida de grano. Poco a poco los vecinos de Mozoncillo se fueron instalando en el nuevo sitio, junto al arroyo que llamaron Alcueza de Mozoncillo ya en el siglo XIV, pues con este nombre aparece en el Libro de las Behetrías de Castilla. La familia Gómez Carrillo tenía entonces cinco solares, el abad de SanCristóbal dos; los pocos vecinos que entonces tenía Mozoncillo pagaban al rey en servicios y monedas. 
Los vasallos del abad pagaban fonsadera más tresmaravedís y una gallina por el solar, mientras que los vasallos de los Gómez Carrillo sólo pagaban unmaravedí y una gallina. La villa se mantuvo siempre en el realengo, como ocurre con los demás pueblos de la Comarca de Juarros. En el año 1845 contaba con 82 habitantes y una escuela a la que acudían 20 niños; mientras que en el año 1950 la población había crecido sensiblemente, habitando en Mozoncillo 150 habitantes. Hace más de mil años se fundó. Ya por aquel entonces, se encomendó a la divina protección de Nuestra Señora, la Inmaculada Concepción, y en lo más mundano, se buscó resguardo en el valle, buscando cobijo en el robledal. Durante siglos nunca faltó una buena sombra en verano o madera paralos crudos inviernos, abundante caza, pastos para el ganado y fuentes que fluían a un río con fama de cangrejero. El entramado de sus calles sigue fiel a un pueblo de Castilla, y en lo tocante al paladar, merecida reputación han adquirido, el mesón y cantina.
El primer documento escrito que hace referencia a la villa de Mozoncillo de Juarros es del año 1160, año en el que una importante dama de la aristocracia burgalesa,Doña Sancha Díez, quizás emparentada con los López de Haro, hace una notable donación de bienes al monasterio premostratense de San Cristóbal de Ibeas, incluyendo los bienes que la señora tenía en Mozoncillo. Pero esta villa fue fundada, como todas las de la Comarca de Juarros, entre los años 890 y 910, cuandose opera la repoblación de estas partes, merced a la expulsión de los árabes invasores y a las defensas militares de Burgos, Lara, Los Ausines, Santa Cruz de Juarros y otros.
