La villa de Santa Cruz de Juarros fue cabeza del alfoz del mismo nombre desde el primer momento de su historia, era la fortaleza del alfoz, y en su castillo, hoy desaparecido, residía el “tenente”, un jefe con atribuciones políticas, militares, de justicia y de hacienda. Su extensión no era grande y abarcaba lo que hoy es el ayuntamiento de Ibeas de Juarros, excepto San Adrián de Juarros. Dentro del término de Santa Cruz contaba la villa con tres barrios, de los que subsisten Cabañas y Matalindo, y ha desaparecido Celada. La abadía cisterciense de Bujedo de Juarros, aunque con fuero propio estuvo en el mismo término. Cuando llegaron los monjes cistercienses, a finales del siglo XVI, habitaba allí una corta población dependiente de la abadía benedictina de San Pedro de Arlanza.
La villa mantuvo su independencia administrativa, a pesar de la vecindad de la Real Abadía Cisterciense, y también del Monasterio de San Cristóbal de Ibeas. En el año 1591 el partido de Juarros y de la Mata contaba con 870 vecinos; en el año 1843, Santa Cruz sumaba 336 habitantes y funcionaban en la villa sendas escuelas para niños y niñas. Las fiestas de celebraban por San Martín y en el término se alzaban tres ermitas dedicadas a Nuestra Señora de Las Mercedes, San Pedro y San Blas. En sus cauces de agua había instalados siete molinos. El punto más alto de población se alcanzó en el año 1950 con 622 habitantes.
Santa Cruz de Juarros tuvo su principal riqueza en la ganadería ovina. La oveja merina pastaba en sus montes durante los veranos, en la villa había esquileo y lavaderos de lanas que proporcionaban salarios a mujeres, e incluso, a los niños. El diezmo de la lana lo percibía en temporadas el cabildo de la Catedral de Burgos y suponía un renglón importante para la Institución. Destacar la ruta de las Fuentes, hoy en proceso de recuperación, la iglesia de San Martín y la ermita de San Pedro.
La iglesia de San Martín es de estilo románico de transición al gótico cisterciense (s. XIV) con añadidos góticos más tardíos y una esbelta torre barroca de 1652. En el interior existe un bonito retablo y un sepulcro gótico.
La ermita de San Pedro, levantada sobre la antigüa iglesia del castillo de Alfoz de Juarros, es un buen ejemplo de iglesia-fortaleza del norte de Castilla.
Aunque la primera mención a Santa Cruz de Juarros data del año 1032, aunque el pueblo existía desde casi 150 años antes.
